Do prostredia Office 365 prichádza nová funkcia v podobe Message Encryption, natívna služba pre šifrovanie obsahu e-mailových správ odosielaných kontaktom mimo spoločnosti. Nezáleží pritom či príjemca používa Office 365, Outlook.com, Gmail, Exchange, či iného poskytovateľa alebo typ poštového servera. Stačí mu len mať účet Office 365 alebo Microsoft Account s overenou e-mailovou adresou, na ktorú bola správa odoslaná.

Office 365 Message Encryption je vylepšenou verziou Exchange Hosted Encryption (EHE) a ponúka všetky jej funkcie a zároveň možnosť aplikovať na tieto správy vlastné úpravy v podobe loga spoločnosti a dodatočných informácií či právnych informácií.

Táto funkcia bude dostupná pre všetky predplatné E3 a E4 bez navýšenia ich ceny. Zároveň bude možné ju samostatne zakúpiť v rámci služieb Windows Azure Rights Management. Užívateľ tak získava tradičné metódy ochrany pomocou RMS, teda napríklad možnosť špecifikovať nemožnosť preposlania alebo skopírovania obsahu správy a zároveň šifrovať obsah všetkých odosielaných správ všetkým externým príjemcom. Túto funkciu je možné napríklad využiť pri odosielaní výpisov z bankových účtov, zdravotných správ či pre iný citlivý obsah.